Según el real decreto, cualquier tiempo utilizado en viajar a un lugar para hacerse cargo de un vehículo...

...comprendido en el ámbito de aplicación del presente Reglamento, o en volver de ese lugar, cuando el vehículo no se encuentre ni en el domicilio del conductor ni en el centro de operaciones del empleador en que esté basado normalmente el conductor, no se considerará como descanso o pausa excepto cuando el conductor se encuentre en un ferry o tren y tenga acceso a una litera. ¿Esto significa que la empresa abonará el tiempo de partido como presencia y nuestros descansos no podrán realizarse durante estos periodos?

El tiempo de presencia desaparece y también desaparece su abono y en ningún caso el tiempo de partido se va a pagar como tiempo de presencia.
Las jornadas de conducción de más de 6 horas, disfrutarán de descanso remunerado, dentro de la jornada.
Los servicios seguidos dispondrán de 5 minutos de descanso por acumulación de pausas por esperas en terminal y 25 minutos de descanso seguido, que se disfrutarán al final del servicio.
Los servicios partidos, los 25 minutos de descanso se disfrutarán al inicio del partido y los 5 minutos restantes por acumulación de esperas en terminal, se disfrutaran igual que en los servicios seguidos.